Die Reichsunmittelbarkeit des Ordens und seine kath. Konfession führten zu häufigeren Streitereien und Auseinandersetzungen mit der Stadt.

Der Rat setzte durch, dass in den beiden Deutschordenskirchen St. Jakob und St. Elisabeth der Gottesdienst nach der neuen Kirchenordnung durchgeführt werden musste. Nur für die Ordensangehörigen wurde die kath. Messe gestattet.

Ein im 16. Jh. errichteter hölzerner Gang zwischen dem geschlossenen Deutschordenskomplex und der Jakobskirche sollte ein Betreten städt. Bodens überflüssig machen.

Aus der Zeit um 1625 stammen mehrere Zeichnungen der Deuschordenskommende im Auftrag des Hauskomturs durch den Nürnberger Hans Bien. Als der Nürnberger Rat von den Zeichnungen erfuhr, wies er Bien an, ihm diskret Kopien der Pläne zu überlassen. So konnten die Reichsstädter einen Einblick in das exemte Gebiet des ungeliebten katholischen Ordens gewinnen. Bien wurde für diese Tätigkeit als Spion fürstlich belohnt. Er erhielt 36 Reichstaler, eine Summe, die dem Jahresverdienst eines einfachen städtischen Beamten entsprach.

Aufgrund des Westfälischen Friedens kam es zum Kompromiss: Die Jakobskirche wurde endgültig an die Stadt gegeben, dafür durfte der Orden in der Elisabethkapelle regelmäßig eine kath. Messe feiern. Ausdrücklich nur bei geschlossenen Kirchentüren, um vorbeikommende Protestanden nicht in “Versuchung” zu bringen.